(一)办公室。负责机关日常运转工作，承担信息（含环境应急信息通报）、安全、保密、文电、会务、机要、干部人事、财务、档案、政务公开、综治、机关后勤等工作。

(二)生态环境保护督察办公室。承担中央、省生态环境保护督察协调联络工作，负责督促、指导、调度督察反馈问题整改等工作，承担本级生态环境保护督察整改工作领导小组日常工作。

(三)综合协调股。承担生态环境保护综合业务的组织协调工作和派驻地环境保护委员会办公室日常工作。负责组织起草生态环境政策、规划，协调和审核生态环境专项规划。负责生态环境统计、污染源普查，承担污染物排放总量控制综合协调和管理工作。承担环境应急预警工作。负责核安全和辐射安全的监督管理，参与核事故应急处理。

(四)水生态环境股。负责辖区地表水生态环境监管工作，拟订和监督实施区域内重点流域生态环境规划、水功能区划，建立和组织实施跨界水体断面水质考核制度，指导入河排污口设置。承担水污染总量控制具体工作，负责监督管理饮用水水源地生态环境保护工作。

(五)大气环境股(应对气候变化股)。负责辖区内大气、噪声、光、化石能源等污染防治的监督管理，完成赣州市对本行政区域内大气环境质量改善目标情况的考核，承担大气污染物总量控制具体工作，组织拟订重污染天气应对政策措施，组织协调大气面源污染防治工作。综合分析气候变化对经济社会发展的影响，承担应对气候变化有关具体工作。

(六)自然生态保护股。协调并监督相关部门开展生态保护工作。组织实施生态保护规划，组织开展辖区内生态状况评估，开展生态示范创建。承担自然保护地、生态保护红线相关监管工作。监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、生态环境建设和生态破坏恢复工作。组织开展生物多样性保护、生物遗传资源保护、生物安全管理工作。负责辖区内土壤、地下水等污染防治和生态保护的监督管理，组织指导农村生态环境保护，监督指导农村面源污染防治等工作，组织指导农村环境综合整治、指导生态农业建设。负责组织开展辖区内固体废物、化学品、重金属和废弃危险化学品等污染防治工作。

(七)环境监测与排放管理股（法规股）。承担本单位有关规范性文件的合法性审查工作，承担行政处罚案件的审查工作，承担行政复议、行政应诉等工作。监督生态环境政策、规划、法规、标准的执行。牵头生态环境损害赔偿改革工作。组织实施生态环境准入清单。承担排污许可综合协调、管理、生态环境科技和清洁生产工作。组织实施建设项目环境保护设施同时设计、同时施工、同时投产使用制度。组织开展生态环境监测工作，参与指导推动循环经济和生态环保产业发展工作。组织开展宣传教育。

机关党支部。负责机关党群工作。

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